​​株式会社菱化システムとして
1987年 科学技術計算分野に進出
1997年 Chemical Computing Group (CCG) 社代理店契約締結
1998年 SCM社代理店契約締結 Gaussian社代理店契約締結
1999年 SciCo（現Materials Design）社代理店契約締結
2001年 COSMOlogic社（現Dassault Systèmes社BIOVIAブランドの一部）代理店契約締結
　　　  AEON Technology社代理店契約締結
2002年 ChemInnovation社代理店契約締結
　　　  CCG社製品東南アジア諸国への販売開始
2005年 Daylight社代理店契約締結
　　　  Partek社（現Illumina社の一部）代理店契約締結
2006年 Scienomics社代理店契約締結
2007年 BioSolveIT社代理店契約締結
2015年 Collaborative Drug Discovery社代理店契約締結
2016年 Scilligence社代理店契約締結

株式会社モルシスとして
2016年 株式会社モルシス設立
2017年 菱化システムより科学技術システム事業部のソフトウェア事業を承継
　　　  Chemotargets社代理店契約締結
　　　  MN-AM社代理店契約締結
2018年 本社を東京都中央区八丁堀に移転
2023年 MedBioinformatics Solutions社代理店契約締結
2025年 Hanson Wade社代理店契約締結