​株式会社菱化システムとして
1987年 科学技術計算分野に進出
1997年 Chemical Computing Group(CCG)社代理店契約締結
1998年 SCM社代理店契約締結 Gaussian社代理店契約締結
1999年 SciCo（現Materials Design）社代理店契約締結
2001年 COSMOlogic社代理店契約締結（現Dassault Systèmes社BIOVIAブランドの一部）
　　　  AEON Technology社代理店契約締結
2002年 ChemInnovation社代理店契約締結
             CCG社製品東南アジア諸国への販売開始
2005年 Daylight社代理店契約締結
            Partek社代理店契約締結
2006年 Scienomics社代理店契約締結
2007年 Stewart Computational Chemistry社代理店契約締結
             BioSolveIT社代理店契約締結
2013年 Prous Institute for Biomedical Research社代理店契約締結
2014年 NEBION社代理店契約締結
2015年 Collaborative Drug Discovery社代理店契約締結
             Dotmatics社官公庁・大学向け代理店契約締結
2016年 Scilligence社代理店契約締結 BioInfoGate社代理店契約締結

株式会社モルシスとして
2016年 株式会社モルシス設立
2017年 菱化システムより科学技術システム事業部のソフトウェア事業を承継
             ChemoTargets社代理店契約締結
             MN-AM社代理店契約締結
2018年 本社を東京都中央区八丁堀に移転 
2023年 MedBioinformatics Solutions社代理店契約締結